Początkowo toczniowe zapalenie nerek objawia się jedynie nieprawidłowymi wynikami badania moczu, w którym występuje białko, erytrocyty oraz wałeczki ziarniste. W tym czasie chory może zauważyć pienienie się moczu (co jest spowodowane dużą ilością białka w moczu) lub zmianę barwy moczu na ciemnobrunatną lub czerwonawą (co jest wynikiem obecności krwi w moczu).
Gdy utrata białka z moczem trwa dłuższy czas, mogą wystąpić obrzęki i często jest to pierwszy objaw choroby. Chory zauważa obrzęki stóp i podudzi (często na koniec dnia) lub opuchnięcie twarzy (zwykle rano). Obrzęki mogą szybko narastać i w ciągu paru dni chory może przybrać na wadze 5–10 kg. Może wystąpić nadciśnienie tętnicze.
Gdy uszkodzenie kłębuszków nerkowych jest duże, rozwija się niewydolność nerek. Jej objawem są nieprawidłowe wyniki badań krwi (zwiększone stężenie kreatyniny i mocznika). Gdy niewydolność nerek jest ciężka, objętość moczu może się wyraźnie zmniejszyć lub chory może nie oddawać moczu.
Zwykle u chorego występują również objawy zajęcia przez toczeń innych narządów.
Najbardziej typowe to: